益生元可以在體內促進腸道有益菌的生長和繁殖，形成微生態競爭優勢，優化腸道微生態平衡，進而提高免疫力，以保持機體健康。同時，又能夠改善腸道微生態，例如：低聚糖類物質能夠促進腸道有益菌雙歧桿菌及乳酸桿菌的大量增殖， 同時有益菌代謝產生的短鏈脂肪酸和一些抗菌物質可直接抑制外源性致病菌和腸腐敗菌如擬桿菌屬、梭菌屬和大腸埃希菌類的生長繁殖。